Une solution serait d'appeller une page PHP en lui passant par méthode POST (formulaire) ou GET (url) les paramètres dont tu as besoin.
La page PHP recupère les paramètres et les enregistres dans un fichier (coté serveur bien évidemment).
et tu traites tes données, qui vont donner un retour, que tu récupérera à nouveau dans ton fichier javascript dans le if.
le if n'étant rempli quee si file retourne true, donc si l'appel et l'execution se sont bien déroulés.