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Posez votre questionoui j'aurais cité le point 1 en premier. A défaut il y a le get_include-path qui peut te renseigner.
Pour tout dire, il n'est pas rare que le PATH ne soit effectivement pas renseigné lors de l'exécution de scripts : cette variable est définie dans le script profil de l'utilisateur (.profile, .bash_rc, etc) et n'est exécuté QUE lors de la connexion d'un utilisateur (même pas avec un simple su, il faut rajouter le tier pour forcer la restauration de l'environnement de l'utilisateur).
Heu,... il n'y a pas vraiment de rapport entre le PATH de l'environnement et l'include-path de PHP.