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Calcul mix pcr

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Description

Ce petit programme permet aux biologistes moléculaire de Calculer leur mix PCR sans la moindre difficulté. Il suffit d'entrer le nombre d'échantillons et/ou quelques paramètres spécifiques pour voir le calcul détaillé s'afficher!

Source / Exemple :


#!/usr/bin/python
# -*- coding: utf-8 -*-
#code source python mix PCR

print "Ce programme vous permet de calculer vos mix PCR"
print "Voulez-vous utiliser les options par défaut? (o/n)"
choix=raw_input()
if choix=="o":
    print "Le calcul se fait sur base d'une réaction dans 25µl avec 2,5µl d'échantillon"

    print "Les réactions sont considérées avec de la taq DNA Polymérase classique"

    print "Entrez le nombre d'échantillons"

    i = raw_input()

    n=int(i)

    s=n/10

    s=int(s)

    tot= n+s+1

    print "Vous avez donc", n, "échantillons + ", s ,"sécurités  et 1 blanco"

    print "Soit",tot,"échantillons."
    print "Calcul:"
    print""
    print "Amorce F:  0.5µl x ", tot, " = ", tot*0.5,"µl"
    print "Amorce R:  0.5µl x ", tot, " = ", tot*0.5,"µl"
    print "Buffer  :  2.5µl x ", tot, " = ", tot*2.5,"µl"
    print "Taq     : 0.25µl x ", tot, " = ", tot*0.1,"µl"
    print "H20     :18.75µl x ", tot, " = ", tot*18.9,"µl"
    print ""
    print "soit 22,5µl par tube PCR + 2.5µl d'échantillon"
    raw_input()

elif choix == "n":
    print "choisissez le volume d'échantillon à ajouter"
    ench= raw_input()
    ech=float(ench)
    print "Choisissez le volume réactionnel"
    voln=raw_input()
    vol=float(voln)
    am=vol/50
    buf=vol/10
    taq=vol/100
    eau=vol-am-am-buf-taq-ech
    print "Quel est le nombre d'échantillons?"
    nn=raw_input()
    n=int(nn)
    s=n/10
    tot=n+s+1
    amt=am*tot
    buft=buf*tot
    taqt=taq*tot
    eaut=eau*tot
    volm=(amt+amt+buft+taqt+eaut)/tot
    print "Vous avez donc",n, "échantillons + ",s,"sécurités et 1 blanco"
    print "Soit",tot,"échantillons"
    print "Calcul"
    print""
    print "Amorce F: ", am,"µl x ", tot, " = ",amt,"µl"
    print "Amorce R: ", am,"µl x ", tot, " = ", amt,"µl"
    print "Buffer  : ",buf,"µl x ", tot, " = ",buft,"µl"
    print "Taq     : ",taq, "µl x ", tot, " = ",taqt,"µl"
    print "H20     : ",eau,"µl x", tot, " = ", eaut,"µl"
    print""
    print "Soit",volm,"µl par tube PCR"
    raw_input()
else:
	print"erreur"

Conclusion :


A faire:
  • réécriture du code pour le rendre plus robuste,
  • diversifier le type de réaction


merci pour vos avis

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