oui il y a une solution tu peux prendre le HWND de ta fenetre avec FindWindows : voir msdn pour les parametres car je ne me souviens plus trop
je crois que c'est FindWindows(char *pClasse,char *pTileDeTaFenetre) et apres tu n'as qu'a faire ShowWindow(TonHWND,SW_MINIMIZED)
voir msdn pour les options
voila salut j'espere t'avoir aider