Regarde sur le forum, il y a un long post qui parle de ca ...
mais il faut pas oublier que C# c'est coté serveur, et javascript coté client, dans tout ca il faut pas oublier comment fonctionne http/html si tu veux demander qqchose au serveur, il faut faire une nouvelle requete, etc...
tu pourras bien sur te servir de ajax, mais je te conseil d'utiliser asp.net et le client callback qui facilite grandement les choses.