Salut,
dans ton script il faut récupérer la référence à la popup créée, qui est retournée par la fonction window.open(), comac :
var maPopup = window.open(/* tes params */);
Ensuite il faut faire appelle à la méthode close() de cet objet au bout d'un certain délai. Ceci peut se faire avec la fonction setTimeout(), comac :
setTimeout("maPopup.close()", 10000);
Bon JS