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Lecture d'un fichier FASTA et conversion en chaîne de caractère.

kurtchild Messages postés 2 Date d'inscription mercredi 1 octobre 2008 Statut Membre Dernière intervention 6 mars 2009 - 6 mars 2009 à 11:54
kurtchild Messages postés 2 Date d'inscription mercredi 1 octobre 2008 Statut Membre Dernière intervention 6 mars 2009 - 6 mars 2009 à 16:02
Bonjour à tous !

Etudiant en Bio-informatique, je viens de débuter sous JAVA. Et évidemment, premier projet, premier problème (qui n'en restera certainement pas un longtemps, peut être grâce à vous !).

Je cherche à lire un fichier FASTA (fichier type de données de séquence ADN) où se trouve une séquence complète d'un gène (ex: ATTGCCGATTGCGGG...)
Cette séquence commence toujours à la deuxième ligne du fichier, et je cherche à la transférer intégralement dans une tableau de chaînes de caractères à deux dimensions. La 1ere dimension étant la taille de ma séquence ADN (1case = 1 nucléotide A,C,G ou T) et la 2e dimension correspondant à mon nombre de séquence. Vous aurez deviné que la finalité est une comparaison de séquence.
Existe t'il donc une classe et des méthodes qui m'aideraient à faire cette manipulation ?

Merci d'avance !

2 réponses

Réponse 1 / 2
Utilisateur anonyme
6 mars 2009 à 15:54
Bonjour

Regarde ici : http://java.sun.com/javase/6/docs/api/
Utilise un BufferedReader pour lire chaque ligne avec la méthode readLine(). Ensuite, tu peux convertir ta chaîne de caractères en tableau avec la méthode toCharArray() ou bien te déplacer dedans comme si c'était un tableau avec la méthode charAt(int index).

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Réponse 2 / 2
kurtchild Messages postés 2 Date d'inscription mercredi 1 octobre 2008 Statut Membre Dernière intervention 6 mars 2009
6 mars 2009 à 16:02
Ok merci beaucoup pour cette réponse rapide, je vais essayer de suite ;)
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