On peut faire ça avec les feuilles de style, par exemple voici celle de PHPCS :
BODY {
scrollbar-face-color: #995577;
scrollbar-shadow-color: #cc00cc;
scrollbar-highlight-color: #FFFFFF;
scrollbar-3dlight-color: #ff66cc;
scrollbar-darkshadow-color: #FF0000;
scrollbar-track-color: #6E6C69;
scrollbar-arrow-color: #FFFFFF;
}