Il te suffit de deposer ton script shell sur la machine ou doit etre executer le script shell, que tu cree une page avec authentification qui te permettra de lancer la commande shell par exec('php5 /path/scriptshell.sh'); et il te suffira de l'appeler d'ou tu veux pour executer le script shell.
merci de cette réponse. J'ai entre temps trouvé une autre solution par l'utilisation de PLINK.EXE pour exécuter un shell sur un serveur linux distant et PSEXEC.EXE pour exécuter un vbscript sur un serveur Windows distant.