pour centrer le popup horizontalement, place le directement dans le body et dans ton css, il faut lui mettre un position:relative; margin-left:auto; margin-right:auto; width:salargeur;
<body style="width:100%;">
<div id="tonpopupid" style="position:relative; margin-left:auto; margin-right:auto; width:200px;" >
<les boutons ect.. en position:absolute; + top et left par rapport à ton popup>
</div>
pour ce qui est du centrage vertical, en javascript avec document.body.offsetHeight et autres pour calculer et affecter lle top calculé avec document.getElementById("tonpopupid").style.top = valeur + 'px';
Attention il faut chercher pour équivalent à offsetHeight pour les différents navigateur.