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Utilisation de ClearCanvas

Avril 2017


Utilisation de ClearCanvas



Introduction


Ce tutoriel montre brièvement comment réaliser les opérations les plus communes avec l'aide de la librairie ClearCanvas

Avant de commencer


ClearCanvas est en fait une société qui se consacre à la création d'applications informatiques open source dans le monde de la santé (http://www.clearcanvas.ca/). Ils ont notamment développé un SDK appelé ClearCanvas SDK qui permet, grossièrement, de traiter les fichiers DICOM.

Il existe plusieurs librairies pour traiter ce genre de fichier, mais ClearCanvas possède plusieurs avantages (un forum actif où on peut poser des questions, un SDK totalement orienté objet fait en C#, un peu de documentation même si c'est vrai qu'ils pourraient faire mieux, etc.).

Le but de ce mini tuto est de donner les premiers pas dans l'utilisation de cette librairie qui est assez complexe (si on télécharge le code source, on constate que la solution possède environ 60 projets !).

Qu'est ce qu'un fichier DICOM ?


DICOM est l'acronyme de Digital Imaging and COmmunications in Medicine qui est traduisible par imagerie et communication numériques en médecine. Il est avant tout un standard de communication et d'archivage en imagerie médicale.

C'est l'ACR (American College of Radiology) et la NEMA (National Electric Manufacturers Association) qui l'ont créé en 1985 dans le but de standardiser les données échangées entre les différents appareils de radiologie. Le site Web officiel du standard peut être visité à cette adresse: http://medical.nema.org/.

Lire un fichier DICOM


Le code suivant montre comment lire un fichier DICOM avec la librairie ClearCanvas.

// Load the file
DicomFile file = new DicomFile("00010001.dcm");
file.Load();

// Read some attributes...
int age = file.DataSet[DicomTags.PatientsAge].GetInt32(0, -1);
string name = file.DataSet[DicomTags.PatientsName].GetString(0, null);
DateTime? studyDate = file.DataSet[DicomTags.StudyDate].GetDateTime(0);

Ecrire un fichier DICOM


Le code suivant montre comment écrire un fichier DICOM avec la librairie ClearCanvas.

// Load the file
DicomFile file = new DicomFile("00010001.dcm");
file.Load();

// Write some attributes...
file.DataSet[DicomTags.PatientsAge].SetInt32(0, 27);
file.DataSet[DicomTags.PatientsName].SetString(0, "Anonymous");
file.DataSet[DicomTags.StudyDate].SetDateTime(0, DateTime.Now);

// Save
file.Save();

Customiser un ImageSop


Comment customiser un ImageSop, dans ce cas pour passer directement par la mémoire sans se servir d'un fichier temporaire.

public class VSDMImageSop : ImageSop
{
    public VSDMImageSop(string filename) : base(new DicomFile(filename))
    {
    }

    public VSDMImageSop(DicomFile dicomFile) : base(dicomFile)
    {
    }

    #region Properties

    public string Filename
    {
        get { return DicomFile.Filename; }
    }

    private DicomFile DicomFile
    {
        get { return NativeDicomObject as DicomFile; }
    }

    #endregion

    protected override void EnsureLoaded()
    {
        if (!String.IsNullOrEmpty(this.Filename)) DicomFile.Load(DicomReadOptions.Default | DicomReadOptions.StorePixelDataReferences);
    }
}

Extraire une image d'un fichier


Comment extraire une image d'un fichier DICOM

public static class ImageExtractor
{
    public static byte[] ExtractBitmap(string filename)
    {
        return ExtractBitmap(new VSDMImageSop(filename));
    }


    public static byte[] ExtractBitmap(DicomFile file)
    {
        return ExtractBitmap(new VSDMImageSop(file));
    }

    private static byte[] ExtractBitmap(ImageSop sop)
    {
        byte[] b = null;

        try
        {
            Bitmap bitmap = null;
            MemoryStream ms = new MemoryStream();
            IEnumerable<IPresentationImage> images = PresentationImageFactory.Create(sop);

            // This loop is only needed if we want to get all images....
            foreach (IPresentationImage image in images)
            {
                ISpatialTransformProvider spatial = image as ISpatialTransformProvider;
                spatial.SpatialTransform.Scale = 2;

                bitmap = image.DrawToBitmap(512, 512);
                bitmap.Save(ms, ImageFormat.Png);
                break; // Take just the first image ...
            }
            // Dispose objects
            bitmap.Dispose();
            bitmap = null;
            b = ms.ToArray();
            ms.Dispose();
            ms = null;
        }
        catch(Exception ex)
        {
            b = null;
        }

        return b;
    }
}

Pour terminer


Oui je sais, ce n'est pas grand-chose, mais quand il faut chercher ce genre d'informations (qui ne cours pas les rues pour une librairie autant spécifique), ça prend vite beaucoup de temps...

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Publié par cs_Bidou.
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